子宫内膜异位症的临床分型和分期复杂，IVF治疗的结局还涉及到患者年龄、卵巢储备状态、血清CA125水平、既往手术的损伤、以及合并的其它不孕病因，因此采用的诱导排卵策略必须在常规方案基础上个体化处理。强调的是这些处理首先应在不孕不育病因的常规筛查后选择进行。一般来说，对经过手术证实的重症子宫内膜异位症（III～IV期），术后大约2～3个月 GnRH-a降调后开始进入辅助生殖技术诱导排卵方案。推荐的各类患者治疗方案如下：
年轻且不孕年限较短的轻型异位症患者：
该类患者年轻，不孕的时间不长，卵巢功能良好，在腹腔镜确诊和处理后，如果手术分期为I～II期，应给与长达1～2年的期待，期间可进行排卵监测和指导自然试孕，3～6个月后可考虑宫腔内人工授精3～6个周期，人工授精的周期可谨慎加用诱导排卵药物以提高妊娠率，指标是单卵泡发育排卵。如果宫腔内人工授精未获得妊娠，如果内异症病灶并不活跃，CA125水平升高不明显（<35ku/L），可进行常规长方案降调诱导排卵进行IVF治疗，目标获卵数一般考虑为8～10枚。
年龄<35岁，卵巢储备正常的中重度子宫内膜异位症患者：
该类患者虽然年轻，但是异位症手术分期为III～IV期，大多已经进行卵巢异位症囊肿剥除，一般术后会常规应用GnRH-a 3～6个月，在此期间，患者应该及时得到生殖医学专家的咨询，通常会给予IVF助孕的建议。这并不意味患者只能依赖辅助生殖技术受孕，而是希望直奔主题，以成功率的方案怀孕，以妊娠来控制异位症的复发和进展。根据盆腔和输卵管条件，考虑患者的意愿，酌情采用IVF治疗，特别是异位症复发的患者。可以应用的方案包括：
常规长方案：该方案的优点是，（1）在IVF之前充分降调有效抑制内异症病灶；（2）避免GnRH-a全量降调后卵巢抑制过深，刺激药物剂量的增大；（3）待GnRH-a抑制后第一个周期排卵恢复后立即开始刺激，可达到常规长方案刺激的效果，又不给内异症复发的机会。
低剂量降调超长方案：该方案的优点是对卵巢的抑制不深，刺激的出形象激素药物剂量不大，而且刺激时间不长，2～3支1/2～1/3剂量的长效GnRH-a注射后，HMG刺激卵泡生长，弥补了GnRH-a长期降调造成的LH缺陷，临床结局优于常规长方案。如果和其他患者分担1支药物的注射，也可降低治疗费用。
对>35岁，或卵巢储备较差，卵巢低反应的患者：
该类患者的卵巢储备能力应该是治疗考虑的首要因素，不再适宜常规大剂量促性腺激素的刺激和长期GnRH-a的降调。推荐的方案为卵巢温和刺激或微刺激的IVF治疗。
温和刺激IVF方案：多选择低剂量促性腺激素或克罗米芬+促性腺激素（CC+Gn）组合，或促性腺激素+拮抗剂组合，目标获卵数为5～7枚。如果CC组合方案，胚胎评分优良，选择冷冻胚胎自然周期移植。
微刺激IVF方案：多选择促性腺激素±氯米芬的组合。目标获卵数为1～3枚，如果内膜不良且胚胎评分优良，可进行胚胎冷冻，择期在自然周期或人工周期进行胚胎移植。但通常会建议取卵周期移植新鲜胚胎。
自然周期IVF方案：平均每取卵周期获卵约0.9个，可用极少量促性腺激素刺激，一般新鲜周期移植。
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